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いろいろと機能面や規制面で違いは有るのですが、増値税の還付についての違いが最も分かりやすく、且つ、非常に大きな違いかと思います。旧来、保税区を通じた輸出に対しては、保税区へ搬入(輸出)した時点では輸出完了と見なされず、当該の貨物が実際に海外に全量船積されたという証明がされてはじめて増値税還付請求が出来るといった規定でした。 しかし、実際には保税区内の企業がバイヤーである場合や、仕分等で全量船積が確認できぬ場合、又は、中国国内に再輸入される場合等々増値税還付は非常に難しい状況にありました。これが、保税物流園区を利用する場合、物流園区へ搬入(輸出)した時点で輸出完了とみなされ、即増値税還付請求が可能となります。
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